مناقشه بر سر متمم قانون اساسی
همچنین بسیاری از مشروطه‌طلبان نیز بر دو راهی بین دین و دموکراسی مردد بودند. مردم در تهران و شهرستان‌ها- به ویژه در تبریز- نگران شدند و با توسل به تمدید تحصن، تصویب متمم قانون اساسی را خواستند و گفتند که حکومت باید «مشروعه»- متکی به شرع و دین- باشد، نه مشروطه. سرانجام متمم قانون اساسی آماده و به مجلس تقدیم شد.
این قانون متضمن اصول تازه‌ای به شرح ذیل بود:
۱- به موجب متمم قانون اساسی افراد کشور، صرف نظر از دین و مذهب و طبقه، متساوی‌الحقوق هستند. با تصویب این اصل مسلمان همان اندازه حق دارد که غیرمسلمان و کلیه امتیازهای اشرافی لغو شود.
۲- آزادی‌های عمومی از قبیل آزادی مطبوعات، آزادی احزاب و جمعیت‌ها و همچنین آزادی‌های فردی رسما اعلام شود.
۳- به موجب این قانون، قوای حکومت ناشی از ملت شناخته می‌شود و به سه رشته مجزا: قوه قانون‌گذاری، قوه قضایی و قوه اجرایی تقسیم می‌شود.
۴- با تصویب این قانون، حق قضاوت از حکام سلب می‌شود و به قوه قضایی که یکی از سه رکن دموکراسی است، منتقل می‌شود. به موجب این قانون، قضات در کار خود مستقل‌اند، تشکیل دادگاه باید به حکم قانون باشد و دولت حق تغییر قضات را ندارد.
۵- به موجب این قانون، اوامر پادشاه وقتی قابل اجرا است که به امضای وزیر مسوول رسیده باشد.
۶- طبق معمول همه کشورهای دموکرات، وزیران در برابر مجلس مسوولند.
۷- به موجب اصل ۱۸ «تحصیل و تعلیم علوم و معارف و صنایع آزاد است، مگر آنچه شرعا ممنوع است»؛ ولی جالب اینجا است که در اصل تاکید می‌شود که تحصیل «مطابق قانون وزارت علوم و معارف» باید «اجباری» شود.
متمم قانون اساسی با در برداشتن این اصول، بسیاری از مجلسیان را دچار بهت و وحشت و سرانجام دچار دودستگی کرد. به این ترتیب «متمم قانون اساسی» چنانکه از نام آن برمی‌آید، تکمله‌ای بود بر «نظامنامه اساسی» که پیش‌تر به صورت شتابزده و ناقص تدوین و تصویب شده بود و ملت از طریق این قانون توانست تا آنجا که شرایط تاریخی و اجتماعی و موازنه نیروها اجازه می‌داد و حتی می‌توان گفت خیلی بیشتر از آن، به صورتی انقلابی نیروی اصلی سلطنت را، عملا از قدرت برکنار سازد و خود بر سرنوشت خویش حاکم شود. تا آن زمان عده‌ای از روحانیون که برای پیشرفت مشروطه می‌کوشیدند، نمی‌دانستند که حکومت دموکراسی، حکومتی است که در برابر مذهب بی‌طرف است؛ اما پس از آنکه به‌این امر پی‌بردند جمعی کوشش خود را متوقف کردند، جمعی سست شدند و برخی به مخالفت برخاستند و نخستین تفرقه در میان مشروطه‌خواهان پدید آمد، خاصه که محمدعلی شاه آتش این اختلاف را به شدت دامن می‌زد.
این جدایی به میان نمایندگان مجلس نیز کشیده شد. محمدعلی شاه که با شورش و مقاومت مردم مواجه شده بود، شروع به ایجاد فتنه و آشوب کرد و درصدد برآمد تا با ترور، رهبران مشروطه تبریز را که سرسخت‌ترین مبارزان مشروطه بودند از میان بردارد؛ اما تبریزیان به موقع متوجه خطر شدند و شهر حالت آمادگی جنگی به خود گرفت.
در این میان تهران به کمک تبریز شتافت و کسبه دکان‌ها و بازار را بستند و ناطقان جریان انقلاب فرانسه را برای مردم گفتند و به اعدام لویی شانزدهم اشاره کردند. محمدعلی شاه در برابر این وضع دانست که مردم به آسانی آنچه را که به دست آورده‌اند، از دست نمی‌دهند.
به‌این سبب به فکرتوطئه افتاد، اما قیام مردم در تهران و سایر شهرها او را از اجرای این نقشه منصرف کرد؛ خاصه که سالارالدوله، یکی از شاهزادگان، به قصد تصرف تاج و تخت با پادشاه درافتاد. در این زمان روحانیون به یک پیروزی رسیدند، به این معنی که نوشته شیخ فضل الله نوری مبنی‌بر اینکه قوانین مجلس به تصویب یک جمع روحانی برسد، در مجلس به عنوان اصل دوم متمم قانون اساسی پذیرفته شد.
اما عده‌ای از این کار خشمگین شدند و اداره روزنامه‌ای را که این اصل را چاپ کرده بود، غارت کردند. دسته‌ای در شاه عبدالعظیم بست نشستند و نشریه‌ای به نام لایحه تدارک دیدند و از این راه به اعتراض پرداختند. اتابک که پشتیبان بست‌نشینان بود، به دست جوانی کشته شد.
کشته شدن اتابک دو نتیجه داشت: یکی آنکه عده زیادی از مستبدان به وحشت افتادند و دیگر آنکه بست‌نشینان که پشتیبان اصلی خود را از دست داده بودند، بی‌پول شدند. در این مبارزه سران جمعیت‌های سیاسی تهران با هم متحد شدند و جمعیتی به نام «انجمن مرکزی» تشکیل دادند. این انجمن نماینده ۱۴۴ جمعیت مختلف بود.
افراد انجمن مرکزی برای تصویب متمم قانون اساسی در مجلس بست نشستند. سرانجام به‌رغم تلاش‌های مخالفان مشروطه، متمم قانون اساسی در ۲۹ شعبان ۱۳۲۵ به تصویب مجلس و صحه محمدعلی شاه رسید.
محمدعلی شاه، در هنگام امضای متمم قانون اساسی، در اصل سی‌و‌پنجم که نوشته شده بود: «سلطنت ودیعه‌ای است که از جانب ملت به شخص پادشاه مفوض شده»، عبارت «به موهبت الهی» را اضافه کرد و اصل سی‌و‌پنجم را به‌این صورت درآورد: «سلطنت ودیعه‌ای است که به موهبت الهی از جانب ملت به شخص پادشاه مفوض شده...».تصویب متمم قانون اساسی پیروزی مشروطه‌خواهان بود؛ به همین دلیل محمدعلی شاه چاره‌ای جز توسل به زور ندید؛ اما آخرین دسیسه او با قیام مردانه مردم روبه‌رو شد و به تفصیلی که در منابع تاریخی آمده، سلطنت خود را بر سر این کار گذاشت.