نظام‌نامه سودآوری!
عامل دوم نیز برقراری حقوق گمرکی ثابت بر امتعه کشور همسایه شمالی و پذیرش اصل تجارت آزاد است که پس از شکست جنگ‌های ایران و روس، بر ایران تحمیل شد و پس از مدتی انگلیس و تعدادی از دول اروپایی نیز از این امتیازات بازرگانی و گمرکی بهره‌مند شدند. اما به‌زودی مشخص شد پذیرش این شرایط با توجه به موقعیت نامناسب اقتصادی ایران، به جهت کاهش صادرات و افزایش واردات در واقع اعطای حق برون‌مرزی به دول روس و انگلیس بوده که به موقع خود، ابتکار عمل را از دست دولت ایران درآورده و در اختیار آنها قرار داده است. در حالی‌که هر کشوری حق داشت مبادی ورودی و خروجی سرزمین تحت حاکمیت خود را کنترل و از واردات یا صادرات کالا یا کالاهایی جلوگیری به‌عمل آورد. این ابزار هدایتگر مناسبی برای اعمال نظر در جهت حفظ توازن و تنظیم تراز بازرگانی کشور و حمایت از صنایع تولیدی داخلی بوده است.
به همین خاطر هنگام شروع عهد ناصری و تشکیل اولین دولت که امیرکبیر سکان آن را در اختیار داشت، امکانی برای اصلاح نظام گمرکی و اعمال جنبه‌های حمایتی آن بر ارکان اقتصادی کشور وجود نداشت. بنابراین امیر در کوتاه‌مدت تاکتیک خود را عوض کرد و حمایت همه‌جانبه از صنایع داخلی و ایجاد صنایع جدید را با اهرم‌های دیگر اقتصادی ادامه داد که از حوزه این مقال خارج است.
هرچند دولت او به‌زودی به‌سرآمد و آقاخان نوری صدراعظم بعدی ایران شد او سیاست‌های اقتصادی امیر را که تحولی در کشور ایجاد کرده بود، دنبال نکرده و در پی اصلاح نظام گمرکی هم برنیامد، بلکه ظاهرا ضمن دستورالعملی دست تجار داخلی را نیز از تجارت خارجی ایران کوتاه کرد. به‌زودی ثمره تلخ این سیاست‌های نادرست و نسنجیده آشکار شد.
بنابراین ناصرالدین شاه او را عزل کرد و اداره امور را خود به عهده گرفت و دست به تغییراتی اداری در دستگاه دیوانی کشور زد که حتی در صورت اعمال اصلاحاتی در حوزه تجارت و گمرکات آن، دگرگونی و تحول مشخصی در دوره دوازده ساله دیده نشده است. بعدها او تصمیم گرفت نظام گمرکی ایران را سامان دهد. بنابراین نظام‌نامه گمرکی در دوره امین‌السلطان اول تدوین شد.
همچنین سیر تحولات اداری، مالی گمرکات در این دوره منجر به شکل‌گیری وزارت گمرک و تمرکز اداره کل گمرکات کشور در آن شد. این امر با انتزاع امور گمرک ایالات و ولایات از اختیار والیان و حاکمان محلی و سپردن آن به وزیر گمرک و خزانه محقق شد. این تغییرات در سازمان و اداره گمرکات کشور ابتدا به تصویب دارالشوری کبری رسیده بود. در این تحول اداری مدیر و مباشران و کارگزاران گمرکات کشور همچنان خارج از حیطه امور دولت بوده و جزو کارمندان دولت محسوب نمی‌شدند، بلکه صرفا اداره امور آنها از دست حاکمان محلی خارج شده و در اختیار مقاطعه‌دار کل گمرکات (وزیر گمرک) در پایتخت متمرکز شده بود.
لیکن اقدامات فوق مشکلات کشور در عرصه تجارت خارجی از ناحیه گمرک را سامان نداد. در عین حال به‌نظر می‌رسد قصد شاه از تنظیم این نظام‌نامه و هدف از ایجاد وزارت گمرک، ناظر به جنبه مالی و کسب سودآوری بیشتر از این نهاد مالی کشور بوده است تا بتواند در جهت بالا بردن درآمدهای گمرکی اقدام ورزد. بنابراین در بررسی عملکرد گمرکات این دوره تاریخ ایران، برای آن کارکردی جز کسب درآمد به‌عنوان یکی از مداخل مالی و پولی کشور نمی‌توان متصور شد.
از نتایج عملکرد ضعیف این نظام تسریع در از میان رفتن صنایع داخلی و محلی و بیکاری مردم بوده است. صنایع جدید وارداتی نیز به علت ارزان بودن اجناس خارجی در ایران، امکان رقابت را نیافته، ورشکست شده و به تعطیلی کشیده شدند. این امر در پی ارسال سرمایه‌های تجاری و صنعتی روس و انگلیس و انحصاری کردن تجارت خارجی ایران از سوی دول مذکور ممکن شد.
البته نبود ابزار کنترلی و عدم ممانعت از سوی نظام گمرکی کشور در این راه، مساله فوق را سرعت بخشیده بود. به‌طور قطع یکی از ناکارآمدی‌های نظام گمرکی کشور، ناتوانی در جلوگیری از واردات بی‌رویه کالا و امتعه خارجی بود و از علل اصلی آن فقدان اعمال تعرفه گمرکی بازدارنده در این نظام بوده است. به نظر می‌رسد یکی از علل عمده این نقیصه و نارسایی به دلیل پذیرش اصل تجارت آزاد از سوی نظام اقتصادی کشور بوده است که بدون اندیشه و درنظر گرفتن موقعیت کشور براساس معاهدات سیاسی، بازرگانی از سوی حکومت وقت در دوره قبل از عهد ناصری بسته شده بود، بنابر این وضع اتباع خارجی که در ایران به تجارت می‌پرداختند و از پرداخت حق گمرکی ثابت در گمرکات ایران برخورداربوده و تحت حمایت کنسول خود بودند، به مراتب بهتر از تجار ایرانی بود که مجبور به پرداخت عوارض و حقوق گمرکی سنگینی بودند.
علاوه بر اینکه اداره حکومت ناکارآمد قاجاریه به علت روش مقاطعه مشاغل و ماهیت دستگاه دیوانی کوچک خود عموما در مقابل دول اروپایی منفعلانه عمل کرده است، به همین جهت این تجار ایرانی بودند که در شرایط سختی قرار داشتند. بنابراین از عهده بر نیامده، عده‌ای تابعیت روس و انگلیس را پذیرفته تا از امتیازات تبعه خارجی استفاده کنند و بعضی از تجار متمول داخلی مقیم در بنادرجنوبی ایران به جهت زیاده‌خواهی عاملان حکومتی از ایشان به کشورهای همسایه مهاجرت می‌کردند.
با این شرایط مابقی تجار ایرانی مجبور به قبول کارگزاری(دلالی) و نمایندگی برای شرکت‌های تجاری خارجی شده، تجارت ایران عرصه رقابت روس و انگلیس شد. به‌طور قطع در بازار آشفته اقتصادی و تجارت ایران که در طول عهد ناصری شاهد آن هستیم نظام گمرکی به لحاظ جایگاه مهم و تاثیرات آن سهم غیرقابل انکاری داشته است.