نخست دستور داد که برخی از کتاب‌های علوم انسانی، به‌خصوص آثار ترجمه شده غربی، تدریس نشود و بعد تغییراتی هم در مدیریت و استادان به وجود آورد. افراد سفارش‌شده‌ای که به دارالفنون راه یافتند، در واقع ماموریتشان تبلیغ دیدگاه‌های دربار و ممانعت از اشاعه اندیشه‌های نو بود. به این ترتیب دارالفنون آلوده سیاست دربار ناصری شد و هویت واقعی خود را به عنوان مرکزی علمی از دست داد.
پس از این دگرگونی فارغ‌التحصیلان این مدرسه برخلاف گذشته قدر نمی‌دیدند و به صدر نمی‌نشستند، بلکه مشاغل بسیار ناچیز به آنها سپرده می‌شد. همین موضوع سبب دلسردی محصلان شده بود و از علاقه آنان به تحصیل می‌کاست.
به جای تدریس علوم جدید، فعالیت اصلی مدرسه معطوف شده بود به برگزاری مراسم دینی و عزاداری و پختن آش و انواع غذاها در دیگ‌های بزرگ که در همه آنها دانش‌آموزان به کار گرفته می‌شدند.
از اینها گذشته نظارت کامل به عمل می‌آمد که در کلاس‌ها از حقوق فردی و اجتماعی و آزادی‌هایی که مردم فرنگ از آن برخوردارند، سخنی به میان نیاید. از مجموع این قضایا می‌توان دریافت که متاسفانه دارالفنون از اهدافی که امیرکبیر از بنای آن در سر داشت، بسیار دور افتاد و بدل به نهادی وابسته به دربار شد.