پس از بازگشت روحانیون مهاجر از قم به تهران و انجام دید و بازدیدهای معمول در ۲۷ مرداد ۱۲۸۵/ ۲۰ جمادی الثانی ۱۳۲۴ق/ ۱۸ اوت ۱۹۰۶م مجلسی با حضور سه چهار هزار نفر از روحانیون، تجار، وزرا، شاهزادگان و عموم مردم در مدرسه نظامیه تشکیل شد.
مشیرالدوله صدراعظم در سخنرانی‌اش درباره علت گردهمایی آن روز گفت: «چون لایحه قواعد انتخابات و لایحه نظامنامه این مجلس شورای ملی باید با کمال دقت موافق دستخط مبارک همایونی ترتیب داده شود و البته می‌دانید که انجام این کار مستلزم وقت و فرصت معینی است، لهذا برای اینکه بندگان اعلیحضرت اقدس شاهنشاهی خلدالله ملکه، دلیلی واضح و حجتی کافی در تصمیم رای مبارک خودشان برای تشکیل و ترتیب مجلس شورای ملی به قاطبه اهالی ایران داده باشند مقرر فرمودند که عجالتا محل موقتی این مجلس محترم، معین و در آنجا با حضور آقایان علما و وزرا و اعیان و اشراف و تجار و اصناف، صرف شیرینی و شربت شود.
حاج شیخ مهدی سلطان المتکلمین هم از طرف ملت لایحه‌ای قرائت کرد که ضمن تشکر از شاه و صدراعظم اعلام کرد که «عجالتا با این معدود وکلاء که منتخبین از پایتخت می‌باشند شروع به مقصود کرده انتظار می‌بریم که به فرصت وکلایی که باید از تمام بلاد منتخب شوند به ترتیب مخصوص انتخاب شده در دارالخلافه حاضر شوند و هرچه زودتر این مجلس که مجلس شورای ملی باشد موافق نظامنامه، تکمیل نواقص خود را کرده در استحکام مبانی سلطنت و استقرار حقوق ملت، نتایج مستحسنه را به عون الهی ظاهر سازد.»
بعد از نطق او مردم به صرف شربت و شیرینی پرداختند، سپس مجلس را ترک کردند. به این ترتیب مجلس موقتی تشکیل شد که نمایندگان آن از طریق آرای مردم انتخاب نشده بودند. این مجلس موقتی تا تشکیل مجلس منتخب هفته‌ای دو روز تشکیل جلسه داد و از طرف آن دوازده نفر که مرتضی قلی‌خان صنیع‌الدوله، مخبرالسلطنه، حاج امین‌الضرب، محقق‌الدوله، صدیق حضرت، حاج معین بوشهری و آقا میرزا محسن از جمله آنها بودند، مامور نوشتن نظامنامه انتخابات مجلس شدند.
پس از تهیه نظامنامه و تایید آن توسط مظفرالدین شاه انتخابات تهران در ۲۵ شهریور ۱۲۸۵ش/ ۲۷ رجب ۱۳۲۴ق/ ۱۶ سپتامبر ۱۹۰۶م آغاز شد. همچنین قرار شد فقط با حضور نمایندگان تهران مجلس شورای ملی را افتتاح کنند و منتظر نتیجه انتخابات شهرستان‌ها نمانند.
هیات ناظر بر انتخابات تهران عبارت بودند از: مخبرالسلطنه رییس، مشیر دیوان منشی باشی از طرف صدراعظم، اعظم‌السلطنه و خازن‌الملک از طرف حکومت تهران، اسدالله میرزا و ثقه‌السلطنه از طرف شاهزادگان، امجدالسلطان از طرف قاجاریه، آقا سید حاج آقا و میرزا طاهر تنکابنی و سید محمدتقی هراتی و شیخ سیف‌الدین از طرف علما و طلاب، حاج سیف محمد صراف از طرف تجار، حاج محمدابراهیم و آقا شیخ حسین سقط فروش از طرف اصناف. انتخابات تهران برگزار شد و تقریبا اکثر نمایندگان تا ۱۱ مهر ۱۲۸۵ش/ ۱۴ شعبان ۱۳۲۴ق/ ۲ اکتبر ۱۹۰۶م انتخاب شدند. در مورد نحوه انتخاب نمایندگان گفت‌وگو بسیار است. ناظم الاسلام کرمانی در تاریخ بیداری ایرانیان مدعی است که «این مجلس بر وفق نظامنامه نمی‌باشد و دست تقلب و تدلیس در کار داخل شده» و معتقد است که متمولین با رشوه نتیجه انتخابات را تعیین کرده‌اند نمونه‌هایی هم برای اثبات ادعایش ذکر می‌کند. مرحله بعد تعیین روز تشکیل مجلس بود.
ابتدا تصمیم داشتند افتتاح مجلس در نیمه شعبان باشد، اما منصرف شدند. یحیی دولت آبادی در این باره می‌نویسد: «قرار است روز پانزدهم شعبان که عید مولود صاحب الزمان است روز افتتاح رسمی مجلس شورا باشد؛ ولی به دو ملاحظه تاخیر می‌شود؛ یکی به ملاحظه تمام شدن انتخابات و دیگر آنکه روز افتتاح مجلس عید مخصوص باشد و با عید مذهبی تداخل نشود.» از این رو روزجمعه ۱۳ مهر ۱۲۸۵/۱۶ شعبان ۱۳۲۴/۵ اکتبر ۱۹۰۶م دعوتنامه رسمی از طرف مشیرالدوله صدراعظم برای عموم علما، وزرا، شاهزادگان، اعیان و سفرای خارجه ارسال شد و از آنها برای افتتاح مجلس شورا در روز یکشنبه ۱۵ مهر ۱۲۸۵ش/ ۱۸ شعبان ۱۳۲۴ق/۷ اکتبر ۱۹۰۶م دعوت به عمل آمد.
در روز موعود سه ساعت مانده به غروب مدعوین در اتاق برلیان عمارت گلستان جمع شدند. مظفرالدین شاه در مجلس حضور یافت و نظام الملک خطابه شاه را قرائت کرد. پس از پایان خطابه موزیک نظام نواخته شد و بعد از پایان جلسه سلام، نمایندگان به مدرسه نظام که برای تشکیل مجلس شورا در نظر گرفته شده بود رفتند؛ ولی به دلیل ضیق وقت جلسه را به عصر روز دوشنبه ۱۶ مهر ۱۲۸۵ش/ ۱۹ شعبان ۱۳۲۴ق/ ۸ اکتبر ۱۹۰۶م موکول کردند. در آن جلسه صنیع‌الدوله به ریاست مجلس برگزیده شد و برای نخستین بار مجلس شورای ملی در ایران کار رسمی‌اش را آغاز کرد.